توجیه واریانس ژنتیکی صفت باقیمانده مصرف خوراک با چندشکلی های تک نوکلئوتیدی (SNP) کشف شده بر روی ترانسکریپتوم گاو هلشتاین

چندشکلی‌های تک نوکلئوتیدی ( SNP) امروزه به مهم‌ترین و کارآمدترین ابزار به نژادی تبدیل شده‌اند. مطالعات پویش کل ژنوم و انتخاب ژنومی دو کاربرد مهم در اصلاح نژاد دام هستند که هر دو مبتنی بر تعیین ژنوتیپ تعداد بسیار زیادی از این جایگاهها هستند. بدین منظور آرایه های با تراکم بالا از این نشانگرها در صنعت گاو شیری ارایه شده اند. از آنجاییکه ترانسکریپتوم تنها حاصل رونویسی بخشهایی از ژنوم است که رمزگر بوده و در نهایت به یک فرآورده پروتئینی ترجمه و بیان می شوند، احتمالا SNP های موجود در این مناطق نیز بهتر می توانند ارزش اصلاحی ژنومی را برآورد کنند. بر اساس این فرضیه، با استفاده از بسته نرم افزاری samtools، فهرستی از SNPها بر روی توالی ترانسکریپتوم نمونه ای از جمعیت گاو ماده هلشتاین آمریکا کشف و سهم آنها در توجیه واریانس ژنتیکی صفت باقیمانده مصرف خوراک ((RFI در جمعیتی از تلیسه های هلشتاین استرالیایی ارزیابی شد. این ترانسکریپتوم با همردیفی و مکان یابی خوانش های RNA-Seq بر روی ژنوم مرجع گاو تشکیل شد. در مجموع، یک فهرست شامل 53478 نشانگر SNP بر روی توالی ترانسکریپتوم جمعیت مورد مطالعه کشف شد که بیشتر آنها در طراحی آرایه‌های SNP ایلومینا در نظر گرفته نشده‌اند. فهرست یافت شده با آرایه با تراکم بالا ایلومینا تنها 6336 نشانگر مشترک داشت. این فهرست مشترک نتوانست سهم بیشتری از واریانس ژنتیکی صفت باقیمانده مصرف خوراک را توجیه نماید. پیشنهاد می شود جایگاههای کشف شده در پیش بینی‌های مبتنی بر توالی کل ژنوم به کار برده شوند تا بهتر ارزیابی گردند.